Schermen
5.0 Brain Map Manager
Overzicht van alle geüploade scans binnen de tool van de gebruiker. Links staan altijd de openbare onderzoeken die altijd te gebruiken zijn en dienen als globale kennisdeling. Daarbij wordt er binnen de brainmaps onderscheid gemaakt tussen een dossier met meerdere scans en een scan.
Existing brainmaps (onderzoeken): dossiers met brainmaps die geüpload zijn door het onderzoeksteam PICTURE. Bij het openen van deze dossiers is het niet nodig om een scan, of patiënt te kiezen. Hierbij is er geen segmentatie van de tumor te zien en is het gehele gebied ingekleurd;
Edit dossier: bewerken van het dossier opent. Hierin zijn alle geüploade MRI-scans te zien die binnen dit patiëntendossier vallen;
View in tool: als de gebruiker hierop klikt opent er een popup met de MRI-scans binnen dit dossier. De gebruiker selecteert 1 scan om mee door te gaan. Deze zijn later nog te wijzigen in de Brain Map Viewer;
Edit scan: bewerken van het scan opent. Hierin zijn gegevens over de scan te vinden en te bewerken. Hier kan ook een scan verwijderd worden;
View in tool: aangezien het maar één scan is opent de Brain Map Viewer gelijk;
Upload brainmap: upload een nieuwe brainmap. Het uploadproces is een redesign van de al bestaande tool en hier heb ik qua inhoud niets aan veranderd;
Brainmaps: de brainmaps worden automatisch geordend op upload/bewerkingsdatum. De laatste komen dus bovenaan te staan.
5.1 Brain Map Dossier
Titel: de titel van het dossier is vaak een anonieme code met de leeftijd eraan. Deze code staat op het patiëntendossier van het ziekenhuis. Als er een patiënt “gezocht” moet worden kijken artsen vaak naar de leeftijd of zoeken ze de code op in het systeem.
Close: sluit dossier of als er buiten de pop-up geklikt wordt;
General notes: notities die de gebruiker toe kan voegen. In het informatie “i”tje wordt uitgelegd dat deze informatie privacygevoelig is en dus niet gedeeld wordt met andere artsen;
Age: leeftijd op moment van opname van de patiënt;
Scan: alle beschikbare scans binnen dit dossier. Ook is hier de mogelijkheid om een scan toe te voegen aan het, al bestaande, dossier;
Gender: radiobutton om het gender aan te geven. Als dit niet beschikbaar is dan kan er gekozen worden voor unkown;
Share dossier: haal een deelbare scan op om te delen met andere artsen. Op deze manier krijgen ze inzicht in het dossier en kunnen ze ook onderzoek doen naar een patiënt.
6.0 t/m 6.5 Upload proces
6.0 segmentize: upload scherm met een privacy disclaimer dat de arts altijd nog verantwoordelijk blijft voor de scans. Ook is hier de mogelijkheid om een DICOM te uploaden (MRI-scan);
6.1 anonymize: de MRI-scan wordt geanonimiseerd. De tool gaat na of er nog metadata in de scan zit die mogelijk patiënt data kan bevatten. De gevonden metadata wordt bovenaan laten zien aan de gebruiker. De arts blijft verantwoordelijk voor de data en moet in geval van twijfel, de scan opnieuw downloaden, en checken op patiëntgegevens;
6.2 meta data: hier kan er weer geanonimiseerde, relevante data toegevoegd worden aan de scan. Deze data is terug te vinden in de scan/dossiers van de brain map manager;
6.3 segmentize: nadat de scan geanonimiseerd is wordt de gebruiker gevraagd om de scan te downloaden en vervolgens met een externe tool, zoals ITKsnapshot (afbeelding) de tumor erin te “tekenen”. Het was technisch nog niet mogelijk om dit in de tool te doen. Dit is wel een wens voor de toekomst maar voor nu prima werkbaar. Als de gebruiker upload de ingetekende tumor weer terug in de tool;
6.4 classify: selecteer of de classificatie juist is. Het programma doet dit automatisch maar is niet verantwoordelijk voor fouten. Om deze reden wordt aan de gebruiker gevraagd dit extra te checken;
6.5 approve: accepteer de scan en ga naar de tool.
8.0 Brain map viewer
Dit is het scherm waar de gebruiker zijn/haar geüploade MRI-scan kan vergelijken met de dataset. Bij default staat de filter tab opengeklapt omdat de gebruiker gelijk kan beginnen met het instellen van de filtercriteria. Ook kan er aan de rechterkant gekeken worden naar de berekende modellen die inzicht geven over het ziektebeeld van de patiënt.
Filter
Expand/collapse: deze iconen worden gebruikt om de side panels in en uit te kunnen klappen om meer ruimte te creeëren voor de Brain Maps.
Slimme zoekfunctionaliteit: als er wordt gezocht op een bepaald woord zoals “overleving” dan zoekt de slimme zoekmachines vanzelf filter criteria die hierbij passen. Aangezien de bemanning van de variabelen niet in elk ziekenhuis hetzelfde zijn was dit een wens van PICTURE.
Filter criteria open: een geopende filter wordt met blauw aangegeven. In de werkende tool zou het mogelijk moeten zijn om meerdere filters open te hebben in 1 keer. Vanwege de limitaties van het prototype is dit echter niet mogelijk en moet een filter eerst ingeklapt worden om de volgende te openen. Links boven staan het aantal patiënten die vallen binnen jouw geselecteerde threshold. Deze worden realtime opgeteld bij het totale patiënt amount (nr.7). De y-as geeft het aantal patiënten aan en de x-as de leeftijd in jaren. Elke histogram staaf is gescheiden zodat er onderscheid gemaakt kan worden als beide staven even groot zijn.
Toggle invisibility: maak een ingevulde filter onzichtbaar. Op dit moment worden deze gefilterde variabele niet meegenomen in het totaal en ook niet in de berekende variabelen.
Actieve variabelen: deze laag is zichtbaar. Dit is te zien aan de witte kleur van de variabele en het oogje dat verschijnt aan de rechterkant zodra er iets ingevuld wordt in de filter.
Probability: het manipuleren van de filters heeft invloed op de probability, en dus de complexiteit van de tumor. Dit getal wordt realtime geupdate en is afhankelijk van de ingevulde filters en de positie van de cursor.
Patient amount: totaal aantal patiënten binnen jouw gefilterde selectie.
Ordening filters: Age, KPS en Surgery zijn het belangrijkst/meest gebruikt en staan dus bovenaan. De rest van de filters staan op alfabetische volgorde. In de ideale wereld zouden de rangschikking van de filters bepaald moeten worden o.b.v populariteit (dus meest gebruikt).
Toolbar
Terug naar Brain Map Manager: locatie van de coördinaten en de filters die tot nu toe ingevuld zijn, tot de laatste automatische save, blijven staan;
File menu: hier is informatie te vinden over de brain map, opslaan en export mogelijkheden, openen en toevoegen van presets voor filters, openen van MRI-scans;
Switch preset: shortcut om snel te kunnen switchen tussen je aangemaakte presets voor dit dossier. Presets kunnen aangemaakt worden in het file menu;
Adjust Coordinates: 3 Sliders met de drie assen (Axi, Cor, Sag) om zo de cursor, het witte plusje in de MRI-scans, te verplaatsen;
Switch scan: sortcut om snel te kunnen switchen tussen verschillende scans die binnen jouw geselecteerde dossier geüpload zijn. Zo kan er snel, met behoud van de geselecteerde filters, gekeken worden of de voorspelling klopt en wat de voortgang is;
Toggle masking: wijzigen van de view van de gesegmenteerde tumor. Nu is probability actief en zie je in kleur (rood-groen) wat de behandelbaarheid van de tumor is op basis van de populatie met voorgaande patiënten;
About: functionaliteit die in de oude tool zat. Deze link gaat naar de website over pictureproject;
Help: opent onboarding opnieuw. Bij eerste gebruik opent er een onboarding met uitleg. Mocht de gebruiker dit vergeten zijn, kan dit hier;
Home: het logo dient als terugknop om helemaal terug te gaan naar “home”, ookwel de Brain Map Manager;
Account: dropdown opent met loguit en instellingen. Instellingen brengt de gebruiker naar zijn/haar account pagina. Hier kunnen gegevens aangepast worden zoals foto, emailadres, contactgegevens en wachtwoord;
5102246 -56: dit is de naam van het dossier van de huidige patiënt;
Probability: dit is een gemiddelde probability. Als de cursor over de gesegmenteerde tumor beweegt dan wordt er realtime weergegeven wat de probability is van de specifieke foxel(pixel) en wordt het getal realtime aangepast. Als de cursor erbuiten valt wordt het gemiddelde weergegeven o.b.v de populatie;
Patient amount: dit is de totale populatie. Als de cursor over de gesegmenteerde tumor beweegt dan wordt er realtime weergegeven wat de patient amount is van de specifieke foxel(pixel) en wordt het getal realtime aangepast. Als de cursor erbuiten valt wordt de totale populatie weergegeven;
Cursor: door in te zoomen met de muis vergroot je de mri-scan en zoom je in. Door de cursor te draggen kun je die verplaatsen naar een ander punt op het scherm. De onderste twee cursors bewegen ook mee. Dit zorgt dus voor een 3D overview van de scan en de tumor;
J/Cor: linksboven staat bij elke scan welke as het is. Expand Als de gebruiker op het expand icoontje klikt wordt deze scan groter;
Visualisaties
Checkboxes: elke visualisatie bestaat uit 3 lijnen die aan en uitgezet worden door checkboxes. De checkboxes zijn gesorteerd belangrijkheid;
Filters: de filters zijn inklapbaar zodat het geen grote lijst wordt met visualisaties en data binnen de viewport past om het overzicht te behouden. Er staan altijd standaard 3 visualisaties open om dit overzicht te behouden maar toch zoveel mogelijk al te tonen.
Presets
Preset manager: opent de bestaande presets die de gebruiker aan heeft gemaakt. Deze zijn onderverdeeld in in-en uitklapbare tabjes die corresponderen met het dossier waar ze toe behoren. Als er nog geen preset is geselecteerd zijn alle knoppen disables en alleen cancel en new preset beschikbaar. Zodra de gebruiker op een filter klikt dan worden de andere opties actief;
Nieuwe preset: De nieuwe preset krijgt een willekeurige naam die werkt en herkenbaar is voor de gebruiker, deze mag de gebruiker zelf kiezen. Er zijn daaronder nog twee opties:
Opslaan van co-ordinaten in de preset: zo weer de gebruiker waar de cursor stond van de preset.
Met ook op de toekomst heb ik ervoor gezorgd dat het mogelijk is om je preset met het onderzoeksteam te delen als je bijvoorbeeld een interessante combinatie hebt gemaakt waaruit nieuwe patronen blijken. Zo kunnen andere artsen dit bijvoorbeeld overnemen in hun onderzoek. Ik zie dit voor me als een soort algemene filter pack.
Last updated
